Basadas en el juego de survival horror Corpse Party, la historia sigue a Heavenly Host Elementary School, una escuela primaria que fue derribada después de los asesinatos y desapariciones de varios de sus empleados y estudiantes. Por el comienzo de la historia, otra escuela llamada Kisaragi Academy ha sido construida sobre el sitio de la escuela primaria. Una noche, un grupo de estudiantes de Kisaragi están contando historias de fantasmas cuando un terremoto de repente los transporta a otra dimensión donde todavía existe Heavenly Host Elementary School y en donde rondan los fantasmas de los niños asesinados en la escuela. En el juego el jugador toma el control de los estudiantes de Kisaragi Academy mientras tratan de encontrar su camino a casa y sobrevivir a las otras fuerzas misteriosas que acechan en la escuela, Terror/Gore/yuri/Ecchi
Natsume es un chico que ha tenido una vida difícil desde pequeño, puesto que puede ver espíritus llamados Youkai, un buen día algunos de esos espíritus empiezan a atacarle pidiéndole "El Libro de los Amigos" éste libro, es un diario que le dejó su abuela Reiko que también podía ver los espíritus perfectamente. Ésta fue quien encerró el nombre de muchos de los Youkai, impidiendo así que pudiesen ser libres. Natsume, junto con su amigo y guardaespaldas, decidirá ayudar a los Youkai y liberarlos devolviéndoles su nombre.