En la primavera de 1998, el estudiante de noveno año Kōichi Sakakibara, se traslada de Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su madre, porque su padre había ido a trabajar en una investigación a la India. Su traslado fue a la escuela Yomiyamakita del norte a la clase 3-3. A causa de un neumotórax Kōichi tuvo que ser hospitalizado justo cuando comenzaron las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase Tomohiko Kazami y Yukari Sakuragi le hicieron una visita.
Kōichi finalmente llega a asistir a las clases y trata de adaptarse, pero no puede dejar de notar el extraño comportamiento de sus compañeros. Mei, la chica que conoció en el hospital pertenece a la misma clase, pero la mesa que utiliza es bastante vieja y diferente al del resto la clase. Ella siempre está sola y nadie parece preocuparse por su presencia o tratar de hablar con ella. Inicialmente, Kōichi cree que es un caso de acoso escolar, pero se da cuenta de que incluso los empleados y profesores de la escuela actúan de la misma manera. El ambiente algo aterrador en su nueva clase, parece tener un oscuro secreto que ninguno de sus compañeros de clase quiere revelar.
Un juego social llamado The Magical Girl Raising Project otorga en este mundo la posibilidad de ser "una chica mágica" a una persona entre miles, lo que le proporciona capacidades físicas extraordinarias y poderes mágicos. Pero un día, en un distrito en el que hay 16 chicas mágicas, la administración anuncia que el número de estas debe reducirse a la mitad porque fallan los servidores de energía mágica. Al inicio las chicas mágicas han de competir por ver quién consigue más “"caramelos mágicos", pero las normas no tardan en cambiar y se convierte en una batalla de supervivencia en la que se asesinan unas a otras.
En la primavera de 1998, el estudiante de noveno año Kōichi Sakakibara, se traslada de Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su madre, porque su padre había ido a trabajar en una investigación a la India. Su traslado fue a la escuela Yomiyamakita del norte a la clase 3-3. A causa de un neumotórax Kōichi tuvo que ser hospitalizado justo cuando comenzaron las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase Tomohiko Kazami y Yukari Sakuragi le hicieron una visita.
En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.