De acuerdo con el último deseo de Keisei, Kagami Ouri hace un contrato temporal con Makina para salvarla de degenerar en una Shikabane. Desde entonces, Ouri ha estado entrenando para convertirse en un buen monje y así poder ayudar a Makina en su lucha contra Shichisei, que fueron los que originalmente mataron a Makina, la familia entera de Hoshimura y ahora Keisei. Sin embargo, el monje traidor Shishidou Akasha se decanta para ayudar a Shichisei en un intento para destruir todos los Shikibane Hime, y la organización entera de monjes que los utiliza; la Secta Kougon.
Diez años han pasado desde «El Gran Terremoto de Tokio», un desastre natural que hundió más del 70% de Tokio en el océano. Igarashi Ganta es un estudiante de escuela secundaria de 14 años en la Prefectura Nagano. Ganta es un superviviente delterremoto, pero él no tiene ningún recuerdo sobre el desastre y simplemente desea vivir una vida normal. Todo cambió un día cuando un hombre misterioso cubierto de sangre se le aparece en la ventana de su aula. «El Hombre Rojo» mata a los compañeros de clase de Ganta, pero extrañamente lo deja vivir y le introduce un cristal carmesí en su pecho. La vida de Ganta va de mal en peor cuando es acusado culpable por los espantosos asesinatos y condenado a muerte en «Deadman Wonderland».
Los subhumanos no pueden morir. Aparecieron por primera vez en Africa durante un conflicto bélico, hace diecisete años. A partir de entonces, más especímenes han ido apareciendo en la sociedad humana y, para fines experimentales, el gobierno recompensará generosamente a cualquiera que capture uno. Ajeno a ello, un estudiante de bachillerato se dispone a comenzar sus vacaciones de verano, incapaz de pensar que su vida está a punto de tomar un giro inesperado.
Basadas en el juego de survival horror Corpse Party, la historia sigue a Heavenly Host Elementary School, una escuela primaria que fue derribada después de los asesinatos y desapariciones de varios de sus empleados y estudiantes. Por el comienzo de la historia, otra escuela llamada Kisaragi Academy ha sido construida sobre el sitio de la escuela primaria. Una noche, un grupo de estudiantes de Kisaragi están contando historias de fantasmas cuando un terremoto de repente los transporta a otra dimensión donde todavía existe Heavenly Host Elementary School y en donde rondan los fantasmas de los niños asesinados en la escuela. En el juego el jugador toma el control de los estudiantes de Kisaragi Academy mientras tratan de encontrar su camino a casa y sobrevivir a las otras fuerzas misteriosas que acechan en la escuela, Terror/Gore/yuri/Ecchi
